La guérison de l’homme boiteux de naissance et le discours qui s’ensuit attirent rapidement l’attention des autorités religieuses juives. Alors même que Pierre est encore en train de s’adresser à la foule, les sacrificateurs, le commandant du Temple et les sadducéens interviennent et font arrêter Pierre et Jean ( Actes des apôtres 4.1-3 ). Luc précise qu’ils étaient profondément irrités de voir les disciples poursuivre l’œuvre de Jésus et surtout annoncer, à travers sa résurrection, celle des morts ( Actes des apôtres 4.2 ). Cette dernière affirmation heurtait particulièrement les sadducéens, qui ne croyaient ni à la résurrection ni à l’existence des anges ( Matthieu 22.23 ; Actes des apôtres 23.8 ).

La surprise des responsables religieux devait être considérable. Quelques semaines auparavant, ils avaient obtenu la condamnation et l’exécution de Jésus ( Jean 19.15-16 ) et pouvaient raisonnablement penser avoir ainsi mis un terme au mouvement qu’il avait suscité. Or ils découvrent à présent que ses disciples ont pris le relais et poursuivent publiquement son œuvre. Plus encore, ils constatent qu’un homme boiteux de naissance, bien connu des habitants de Jérusalem, a été miraculeusement guéri ( Actes des apôtres 3.2 ; Actes des apôtres 4.16 ). Un tel miracle rend toute tentative de dénégation particulièrement difficile.

Les autorités décident donc de faire arrêter ceux qu’elles considèrent comme les principaux responsables de cette agitation religieuse. Toutefois, elles se gardent d’employer la violence, de peur de provoquer une réaction populaire. La foule demeure favorable aux apôtres, et beaucoup glorifient Dieu pour ce miracle ( Actes des apôtres 4.21 ). Cette prudence rappelle celle dont les membres du Sanhédrin avaient déjà fait preuve durant le ministère de Jésus, craignant à plusieurs reprises les réactions de la population ( Matthieu 21.26 ; Marc 12.12 ).

Depuis la Pentecôte, la communauté chrétienne de Jérusalem connaît une croissance remarquable. Le groupe d’environ cent vingt disciples, mentionné précédemment ( Actes des apôtres 1.15 ) s’était déjà considérablement développé à la suite du premier discours de Pierre, environ trois mille personnes ayant rejoint l’Église ( Actes des apôtres 2.41 ). Luc précise maintenant que le nombre des croyants atteint environ cinq mille hommes ( Actes des apôtres 4.4 ). Cette précision montre que les apôtres et les disciples étaient attentifs à l’évolution de cette communauté naissante et qu’ils en connaissaient au moins approximativement l’importance numérique.

L’absence d’intervention des autorités lors de la Pentecôte s’explique probablement par plusieurs facteurs. D’une part, Jérusalem accueillait alors une foule considérable de pèlerins venus célébrer Chavouot ( Actes des apôtres 2.5 ), ce qui rendait toute action répressive délicate. D’autre part, les chefs religieux étaient probablement loin d’imaginer l’ampleur que prendrait ce mouvement. Quelques semaines plus tard, la situation a changé : ils comprennent que le mouvement initié par Jésus ne s’est pas éteint avec sa mort, mais qu’il continue à se développer sous leurs yeux au cœur même de Jérusalem.

Dans ces circonstances, l’arrestation des deux principaux porte-parole du mouvement apparaît, aux yeux des autorités, comme la solution la plus efficace pour tenter de freiner cette expansion. Pierre et Jean sont ainsi les premiers apôtres à connaître l’emprisonnement en raison de leur témoignage, accomplissant sans doute les avertissements que Jésus leur avait adressés au cours de son ministère ( Matthieu 10.17-18 ; Jean 15.20 ). Ironiquement, cette première persécution marque le commencement d’une opposition qui, loin de faire disparaître l’Église, contribuera au contraire à sa progression et à sa diffusion, conformément aux paroles du Seigneur ( Actes des apôtres 1.8 ).

Il est probable que la communauté chrétienne, rapidement informée de l’arrestation de Pierre et de Jean, se soit réunie dans la prière afin de rechercher le secours de Dieu. La réalité de la persécution vient alors modérer l’enthousiasme suscité par les premiers succès de la prédication apostolique. L’Église naissante découvre qu’elle devra désormais apprendre à vivre dans l’opposition et à s’appuyer constamment sur l’assistance du Saint-Esprit. Pour ces jeunes croyants, une véritable formation spirituelle commence dès les premiers temps de l’histoire de l’Église.