新教圣经与一样，由旧约和新约组成，但在正典方面有一些显著差异。以下是概述：
旧约
新教圣经遵循旧约的希伯来正典，共包含39卷书：
：创世记、出埃及记、利未记、民数记、申命记。
历史书：约书亚记、士师记、路得记、撒母耳记上、撒母耳记下、列王纪上、列王纪下、历代志上、历代志下、以斯拉记、尼希米记、以斯帖记。
诗歌智慧书：约伯记、诗篇、箴言、传道书（科赫勒特）、雅歌。
先知书：以赛亚书、耶利米书、耶利米哀歌、以西结书、但以理书、何西阿书、约珥书、阿摩司书、俄巴底亚书、约拿书、弥迦书、那鸿书、哈巴谷书、西番雅书、哈该书、撒迦利亚书、玛拉基书。
新约
新教圣经的新约与的新约相同，共包含27卷书：
福音书：马太福音、马可福音、路加福音、约翰福音。
使徒行传：基督教会早期的历史。
保罗书信：、哥林多前书、哥林多后书、加拉太书、以弗所书、腓立比书、歌罗西书、帖撒罗尼迦前书、帖撒罗尼迦后书、提摩太前书、提摩太后书、提多书、腓利门书。
大公书信：希伯来书、雅各书、彼得前书、彼得后书、约翰一书、约翰二书、约翰三书、犹大书。
启示录：启示录，又称约翰的启示。
与天主教圣经的主要差异
书卷：新教圣经不收录书卷（或称），即中所载的多俾亚传、友弟德传、智慧篇、德训篇、巴录书，以及以斯帖记和但以理书的增补部分。
正典：新教圣经的旧约正典以的希伯来文本为基础，而则包含以七十士译本为基础的额外书卷，七十士译本是希伯来圣经的古希腊文译本。
这些差异反映了十六世纪期间出现的神学与历史分歧。