Podemos afirmar razonablemente que se trata de los Doce y no exclusivamente de Pedro y Juan. He aquí por qué:
Argumentos textuales
1- El contexto inmediato: En Hechos 5.12, Lucas precisa que «por las manos de los apóstoles» (en plural general) se hacían muchos milagros, y que todos estaban en el pórtico de Salomón.
2- Los versículos 5.17-18: El sumo sacerdote y los «echaron mano a los apóstoles (τοὺς ἀποστόλους) y los pusieron en la cárcel pública». El artículo determinado «los» y el plural sugieren un grupo, no solo dos individuos.
3- El versículo 5.29: «Respondiendo Pedro y los apóstoles...» Esta formulación distingue a Pedro como portavoz, pero confirma la presencia de los demás apóstoles.
4- El versículo 5.42: Tras su liberación, «no cesaban de enseñar», siempre en plural colectivo.
Contraste con Hechos 4
En Hechos 4.1-3, Lucas había sido explícito: «Mientras ellos hablaban al pueblo, se presentaron los sacerdotes... Les echaron mano a ellos», donde el «ellos» remite claramente a Pedro y Juan, nombrados en el capítulo 3.
Si Lucas hubiera querido designar únicamente a Pedro y Juan en Hechos 5.18, probablemente habría usado la misma precisión que en el capítulo 4, o habría mencionado sus nombres.
Conclusión
El empleo del término general «los apóstoles» en Hechos 5.18, sin restricción nominal, indica verosímilmente que esta vez fueron arrestados los Doce en conjunto, lo que marca una escalada en la represión respecto al arresto de Pedro y Juan solos en Hechos 4.