המקרא הפרוטסטנטי מורכב מהתנ״ך ומהברית החדשה, כמו , אך יש בקנון כמה הבדלים בולטים. להלן סקירה כללית:
התנ״ך
המקרא הפרוטסטנטי הולך לפי הקנון העברי של התנ״ך, הכולל 39 ספרים:
: בראשית, שמות, ויקרא, במדבר, דברים.
ספרי ההיסטוריה: יהושע, שופטים, רות, שמואל א׳, שמואל ב׳, מלכים א׳, מלכים ב׳, דברי הימים א׳, דברי הימים ב׳, עזרא, נחמיה, אסתר.
ספרי שירה וחכמה: איוב, תהלים, משלי, קהלת, שיר השירים.
ספרי הנביאים: ישעיהו, ירמיהו, איכה, יחזקאל, דניאל, הושע, יואל, עמוס, עובדיה, יונה, מיכה, נחום, חבקוק, צפניה, חגי, זכריה, מלאכי.
הברית החדשה
הברית החדשה במקרא הפרוטסטנטי זהה לזו של וכוללת 27 ספרים:
הבשורות: מתי, מרקוס, לוקס, יוחנן.
מעשי השליחים: תולדות ימיה הראשונים של הכנסייה הנוצרית.
איגרות פאולוס: , אל הקורינתים א׳, אל הקורינתים ב׳, אל הגלטים, אל האפסיים, אל הפיליפים, אל הקולוסים, אל התסלוניקים א׳, אל התסלוניקים ב׳, אל טימותיאוס א׳, אל טימותיאוס ב׳, אל טיטוס, אל פילימון.
האיגרות הכלליות: אל העברים, יעקב, פטרוס א׳, פטרוס ב׳, יוחנן א׳, יוחנן ב׳, יוחנן ג׳, יהודה.
ההתגלות: ספר ההתגלות, או חזון יוחנן.
הבדלים עיקריים לעומת המקרא הקתולי
ספרים : המקרא הפרוטסטנטי אינו כולל את הספרים הנקראים (או ) שנמצאים אצל הקתולים (), כגון טוביה, יהודית, חכמת שלמה, בן סירא, ברוך, והתוספות לאסתר ולדניאל.
קנון: הקנון של המקרא הפרוטסטנטי מבוסס, בכל הנוגע לתנ״ך, על הנוסח העברי של , ואילו כולל ספרים נוספים המבוססים על תרגום השבעים, תרגום יווני עתיק של כתבי הקודש העבריים.
הבדלים אלה משקפים את המחלוקות התאולוגיות וההיסטוריות שהתעוררו בעת במאה ה־16.