يرى كثير من الباحثين أن التلميذ المذكور في يوحنا 1:40 ربما كان كاتب هذا الإنجيل، أي الرسول يوحنا. ويؤيد هذه الفرضية أن يوحنا لا يسمّي نفسه صراحةً في إنجيله؛ بل يشير إلى نفسه بعبارة «التلميذ الذي كان يسوع يحبه». وبذلك يتخذ موقفًا متواضعًا طوال روايته.
يوحنا 13.23: في العشاء الأخير يوصف يوحنا بأنه قريب من يسوع.
يوحنا 19.26-27: عند أسفل الصليب، يستودع يسوع أمه عند هذا التلميذ.
يوحنا 20.2: تركض مريم المجدلية لتخبر «التلميذ الذي كان يسوع يحبه» وبطرس بالقبر الفارغ.
يوحنا 21.7: يتعرّف هذا التلميذ على يسوع على الشاطئ بعد القيامة.
يوحنا 21.20-24: يرد ذكر هذا التلميذ في حوار بين يسوع وبطرس.
لا تعني عبارة «التلميذ الذي كان يسوع يحبه» أن بقية التلاميذ كانوا أقل محبة. فقد كان الجميع محبوبين بالقدر نفسه، وكان يمكن لكل واحد منهم أن يصف نفسه هكذا. ويذكر بطرس هذه الصلة بسبب رقّة مشاعره.
يمكن تفسير عدم ذكر الاسم في يوحنا 1.40 بطريقة مماثلة لهذه الأمثلة.
يقترح بعض الباحثين أن هذا التلميذ المجهول هو فيلبس. وتستند هذه الفرضية إلى دعوة فيلبس في يوحنا 1.43، مما يشير إلى لقاء سابق محتمل. ويمكن مقارنة هذا السياق بدعوة لاوي (متى 9.9-13)، حيث اقتُرح أيضًا حدوث لقاء سابق، وإن كان ذلك دون أدلة ملموسة.
لذلك يصعب الاختيار بين يوحنا وفيلبس. غير أن تفضيلنا يميل إلى يوحنا بسبب مكانته تلميذًا مهمًا في مجموعة الاثني عشر. وتبدو لنا شهادته وجيهة مثل شهادة أندراوس وبطرس وفيلبس ونثنائيل. وفي حال كان هذا التلميذ فيلبس، لكنا نفتقر إلى معلومات عن الرسول يوحنا الذي يحتل مكانة بارزة في مجموعة الرسل.