La guérison de l'homme boiteux de naissance et le discours qui s'ensuit attirent rapidement l'attention des autorités religieuses juives. Alors même que Pierre est encore en train de s'adresser à la foule, les sacrificateurs, le commandant du Temple et les interviennent et font arrêter Pierre et Jean ( Actes des apôtres 4.1-3 ).
Luc précise qu'ils étaient profondément irrités de voir les disciples poursuivre l'œuvre de Jésus et surtout annoncer, à travers sa résurrection, celle des morts ( Actes des apôtres 4.2 ). Cette dernière affirmation heurtait particulièrement les , qui ne croyaient ni à la résurrection ni à l'existence des anges ( Matthieu 22.23 ; Actes des apôtres 23.8 ).
La surprise des responsables religieux devait être considérable. Quelques semaines auparavant, ils avaient obtenu la condamnation et l'exécution de Jésus ( Jean 19.15-16 ) et pouvaient raisonnablement penser avoir ainsi mis un terme au mouvement qu'il avait suscité. Or ils découvrent à présent que ses disciples ont pris le relais et poursuivent publiquement son œuvre.
Plus encore, ils constatent qu'un homme boiteux de naissance, bien connu des habitants de Jérusalem, a été miraculeusement guéri ( Actes des apôtres 3.2 ; Actes des apôtres 4.16 ). Un tel miracle rend toute tentative de contestation particulièrement difficile.
Les autorités décident donc de faire arrêter ceux qu'elles considèrent comme les principaux responsables de cette agitation religieuse. Toutefois, elles semblent éviter tout recours à la violence, de peur de provoquer une réaction populaire. La foule demeure favorable aux apôtres, et beaucoup glorifient Dieu pour ce miracle ( Actes des apôtres 4.21 ).
Cette prudence rappelle l'attitude que les membres du avaient déjà adoptée durant le ministère de Jésus, lorsqu'ils craignaient à plusieurs reprises les réactions du peuple ( Matthieu 21.26 ; Marc 12.12 ).
Depuis la Pentecôte, la communauté chrétienne de Jérusalem connaît une croissance remarquable. Le groupe d'environ cent vingt disciples, mentionné précédemment ( Actes des apôtres 1.15 ) s'était déjà considérablement développé à la suite du premier discours de Pierre, environ trois mille personnes ayant rejoint l'Église ( Actes des apôtres 2.41 ).
Luc précise maintenant que le nombre des croyants atteint environ cinq mille hommes ( Actes des apôtres 4.4 ). Cette indication montre que les premiers chrétiens avaient conscience de l'importance prise par cette communauté naissante, même si ce chiffre doit probablement être compris comme une estimation.
L'absence d'intervention des autorités lors de la Pentecôte peut s'expliquer par plusieurs facteurs. Jérusalem accueillait alors une foule considérable de pèlerins venus célébrer Chavouot ( Actes des apôtres 2.5 ), ce qui rendait toute action répressive particulièrement délicate. En outre, les chefs religieux étaient sans doute loin d'imaginer l'ampleur que prendrait ce mouvement.
Quelques semaines plus tard, la situation apparaît différente. Les autorités prennent conscience que le mouvement initié par Jésus ne s'est pas éteint avec sa mort, mais qu'il continue à se développer au cœur même de Jérusalem.
Dans ces circonstances, l'arrestation des deux principaux porte-parole du mouvement apparaît, aux yeux des autorités, comme le moyen le plus efficace de tenter de freiner cette expansion. Pierre et Jean deviennent ainsi les premiers apôtres à connaître l'emprisonnement en raison de leur témoignage, accomplissant les avertissements que Jésus leur avait adressés au cours de son ministère ( Matthieu 10.17-18 ; Jean 15.20 ).
Paradoxalement, cette première persécution marque le commencement d'une opposition qui, loin de faire disparaître l'Église, contribuera à sa progression et à sa diffusion, conformément au programme annoncé par le Seigneur ( Actes des apôtres 1.8 ).
Il est possible que la communauté chrétienne, rapidement informée de l'arrestation de Pierre et de Jean, se soit réunie dans la prière afin de rechercher le secours de Dieu. Cette hypothèse paraît d'autant plus vraisemblable que Luc rapportera un peu plus loin une réunion de prière consécutive à leur libération ( Actes des apôtres 4.23-31 ).
La réalité de la persécution vient désormais tempérer l'enthousiasme suscité par les premiers succès de la prédication apostolique. L'Église naissante découvre qu'elle devra apprendre à vivre dans l'opposition et à s'appuyer constamment sur l'assistance du Saint-Esprit. Une nouvelle étape de son histoire commence, marquée à la fois par la croissance et par les premières manifestations de l'hostilité du monde religieux.
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